Die Klinik Wysshölzli ist ISO zertifiziert und verfügt über die QuaTheDa-Zertifizierung. Jährlich wird durch die Firma SQS (Schweizerische Vereinigung für Qualität- und Management-Systeme) ein Audit durchgeführt und alle drei Jahre werden die vorhandenen Zertifizierungen rezertifiziert. QuaTheDa ist ein Standard des Bundesamtes für Gesundheit (BAG) für Suchthilfeeinrichtungen.
Die Klinik Wysshölzli verpflichtet sich seit 2013, die Vorgaben des Nationalen Vereins für Qualitätsentwicklung in Spitälern und Kliniken ANQ einzuhalten und die Qualitätsmessungen gemäss den Vorgaben des ANQ umzusetzen.
Die Kosten- und Leistungsrechnung der Klinik Wysshölzli erfüllt die Anforderungen der Gütesiegels «Rekole». Das Zertifikat wird durch eine von H+ zugelassene Prüfstelle vergeben. H+ ist der nationale Spitzenverband der öffentlichen und privaten Schweizer Spitäler, Kliniken und Pflegeinstitutionen.